México ha sido uno de los primeros países en adoptar herramientas de evaluación específicas de los malos tratos y tortura. Pese a ello, son sistemáticas desde su implementación las denuncias sobre la mala praxis en la aplicación de estas herramientas por parte de los profesionales de la Procuraduría General de la República (PGR; actual Fiscalía General de la República, FGR) y la utilización de estas malas prácticas con fines de ocultación de la tortura.
En estrecha colaboración con el Grupo de peritos independientes de México, el GAC participó en 2018 en una investigación para identificar y describir las malas prácticas que los profesionales de PGR empleaban en la realización de sus Protocolos de Estambul (PE). Los resultados de esta investigación fueron expuestos de forma preliminar en abril de 2019 en Ginebra ante el Comité Contra la Tortura (CAT) de Naciones Unidas, y en el dossier “Encubriendo la tortura. Análisis de 54 casos. Complicidad de los forenses de la Procuraduría General de la República”.
Los resultados finales de este trabajo fueron publicados a finales del año 2020 en el informe: “Encubriendo la tortura. Complicidad de los forenses de la Procuraduría General de la República. Análisis de 54 casos”, y, en año 2021, en el artículo científico “Uso inadecuado del Protocolo de Estambul en la evaluación de víctimas de tortura por profesionales forenses en México” de la revista Gaceta Sanitaria.